轉自：天津日報

本報訊（記者 岳付玉）當合成生物與大數據云計算相互碰撞，會迸發出怎樣的火花？記者從中國科學院天津工業生物技術研究所（以下簡稱“天津工業生物所”）獲悉，目前，該所攜手亞馬遜云科技推出全球首個基于圖數據庫的大腸桿菌調控代謝關系知識圖譜ERMer，以及全流程高通量編輯序列設計云平臺AutoESD等20多項生物計算設計工具和軟件應用。相關合作正在為健康、能源、農業和環境等領域的科學研究提供技術支撐。

日前，在津舉辦的“生物計算設計”溝通會上，天津工業生物所方面透露，早在2019年，該所就成立了生物設計中心平臺實驗室，開始與亞馬遜云科技共同探索生物技術和信息技術相結合的體系，以進一步推動合成生物學發展。

天津工業生物所生物設計中心副主任廖小平介紹，幾年來，天津工業生物所生物設計中心團隊與亞馬遜云科技團隊的合作不斷開花結果，發布了全球首個基于圖數據庫Amazon Neptune的大腸桿菌調控代謝關系知識圖譜ERMer，首次提供了全局的代謝調控圖譜，并通過可視化框架實現了豐富的搜索功能，如多步查詢、最短路徑查詢等。ERMer打破了傳統的低效數據檢索方式，有效增強用戶和圖譜的人機交互，大大降低了使用門檻。

將合成生物學的相關實驗流程進行模塊化、標準化，也是自動化研究不可或缺的一環。面向微生物遺傳操作，天津工業生物所生物設計中心團隊還開發得到了第一個能夠在所有操作類型、任何基因組位點和跨物種上進行精確、自動化和高通量編輯序列設計的云平臺AutoESD。該平臺能夠在幾分鐘內并行處理包含上千個編輯序列設計目標的數百個設計任務。與傳統開發方式相比，開發時間縮短了75%，總體擁有成本降低50%。

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