凍結時有些細菌可能會死去，對格蘭氏陰性細菌尤其是如此。但有些致病細菌對凍結有極大抵抗力，不能有把握地依靠凍結過程以減少食品中致病菌的數量。因而最重要的是在食品的制備中采取良好的加工工藝并盡可能的避免受致病的和有毒的生物體污染。對打算凍結的可疑物料進行致病和有毒生物體的檢驗仍是需要的。

雖然凍結不會使多種致病細菌失去活力，但卻可以損害它。損害的結果之一是使它們生長很差，甚至在一些生物介質中特別是在一些有選擇性的介質中，根本不生長。在用來偵查凍結物料中致病細菌的措施中通常要加上一個“復蘇”階段，這可以幫助細菌復原。

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